Identifican un centenar de potenciales dianas para el CCR

La identificación de 115 proteínas que se expone hoy en un estudio en PLoS ONE podría servir para desarrollar moléculas frente al cáncer colorrectal (CCR) multidiana y, por lo tanto, más eficaces. Así lo creen los científicos responsables del hallazgo, del IMIM, en Barcelona.

Redacción | 26/04/2012 00:00

Jordi Mestres, coordinador del Laboratorio de Quimiogenómica. (Imim/José Cano)

Un grupo de científicos del Programa de Investigación en Informática Biomédica (GRIB) del Instituto de Investigación Hospital del Mar (IMIM) y la Universidad Pompeu Fabra (UPF) han identificado in silico, es decir, mediante simulación computacional, 115 proteínas que podrían ser muy relevantes en el tratamiento del cáncer colorrectal ya que permitirían definir la estrategia para diseñar fármacos anticancerígenos de nueva generación. En los últimos años se ha evidenciado que los fármacos no son tan selectivos como se creía y que en realidad tienen afinidad por múltiples dianas biológicas. Por este motivo es importante desarrollar fármacos multidiana, es decir, capaces de atacar varios objetivos simultáneamente, más eficientes y con menos efectos secundarios.

Uno de los aspectos clave en la investigación de nuevos fármacos en cáncer es determinar con qué proteínas debe interaccionar el fármaco, de manera que destruya las células tumorales sin afectar las células sanas. En este sentido, el trabajo presenta una nueva estrategia para la identificación de aquellas proteínas altamente relevantes en cáncer.

Según Jordi Mestres, coordinador del Laboratorio de Quimiogenómica del GRIB y uno de los autores del trabajo, "la base de esta estrategia es una lista de moléculas que experimentalmente se ha demostrado que son significativamente más tóxicas para las células tumorales que para las células sanas y otra lista de moléculas que son más tóxicas para las células sanas que para las tumorales. Estas dos listas de moléculas son procesadas computacionalmente con una metodología que permite predecir las proteínas por las que cada molécula tendrá afinidad, identificando las potenciales dianas biológicas para desarrollar nuevos fármacos contra el cáncer".

La contribución de los investigadores ha sido, en concreto, la predicción de las proteínas que interaccionan con moléculas que experimentalmente han mostrado una citotoxicidad diferencial, bien hacia células tumorales o hacia células sanas. El esfuerzo más grande fue probar 30.000 moléculas, con la dificultad logística que ello conlleva.

Metodología original
En total, se generaron 119.520 datos de citotoxicidad por células tumorales y sanas. Una vez identificados los dos conjuntos de moléculas con más alto grado de citotoxicidad diferencial, la predicción de las proteínas con las que interaccionaban fue muy eficiente gracias a una metodología originalmente desarrollada por estos mismos investigadores y que fue más tarde la base del spin-off Chemotargets.

Este trabajo forma parte de las tesis doctorales de los estudiantes Praveena Kuchipudi y Nikita Remez, del GRIB, y ha contado con la contribución del profesor Ferrán Sanz, director del GRIB. Se enmarca dentro del VI programa marco europeo, bajo el nombre de CancerGrib. El proyecto fue liderado por la empresa húngara AMRI, que aportó su quimioteca (colección de millones de compuestos), cuya prueba permitió la identificación de moléculas con citotoxicidad diferencial.
(PLoS ONE 2012; 7: e00 35582)